Ima puno tajni u Arkham City-u koji nagovjestavaju radnju iduceg nastavka isto kao sto je bilo i u Asylumu. U AA ste mogli naci tajnu prostoriju sa planovima za Arkham City.
U nastavku ima jedna skrivena lokacija i nekoliko mjesta gdje na radiju mozete naci frekvencije na kojima se spominju odredene brojke.
Jedan camac u vodi kraj puta do Steel Milla ima tajnu bravu koju mozete otvoriti decrypterom i uci unutra. Kod je teze razbiti nego vecinu u igri.
Sto se tice brojki, nakon rucnog desifriranja dobivate poruku:
"I WILL RETURN BATMAN"
U camcu mozete naci jednog zatvorenika koji je doslovno umro od straha, hrpu kukaca i papir sa imenom "Dr. J. Crane".
Crane je Scarecrow.
Tl;dr
Ako ce biti nastavka, Scarecrow ce imati vrlo bitnu ulogu u iducoj prici.
Hush se nagovjestava kroz jednu od side misija.
U Steel Millu na odredenom mjestu mozete naci dokaz da je Harley Quinn trudna.
Azrael na kraju jedne misije izjavljuje da ce cijeli Gotham biti u opasnosti, tj. gorjeti.